Se espera que Aymeric Laporte esté fuera de acción durante tres o cuatro semanas debido a una lesión en el tendón de la corva.
Laporte se lesionó en la ida de la Champions League ante el Real Madrid.
Ahora se perderá la final de la Carabao Cup ante el Aston Villa el domingo.
Es poco probable que el francés participe en el derbi de Manchester del 8 de marzo y también hay dudas para el partido de vuelta contra el Madrid en el Etihad el 17 de marzo.
Guardiola comentó sobre el estado del jugador, que acaba de regresar de una lesión y ahora tiene otra: "Cuando hablamos de una lesión en los isquiotibiales, [el] pronóstico es de tres semanas a un mes, más o menos.
"Hemos tratado de evitar la lesión, pero aun así sucedió. Cuando tienes un juego exigente para jugar, a veces sucede".
Por otro lado, Leroy Sane podría regresar en el partido contra el U23 Arsenal. El alemán no ha jugado desde que sufrió una lesión en el ligamento cruzado anterior justo al comienzo de la temporada y Guardiola no lo presionará para que regrese rápidamente al primer equipo.
Guardiola comentó sobre el regreso de Sané: "Primero queremos ver cómo va el partido, hablar con él y ver cómo se sintió contra el Arsenal. Pero creo que es bueno".
El City está a 22 puntos del líder de la Premier League, el Liverpool, y Guardiola cree que si todos sus jugadores no estuvieran lesionados, los resultados podrían ser diferentes.
"Bueno, como sabes, un entrenador necesita a todos sus jugadores", dijo Pep. "Sí, por supuesto que todos nuestros jugadores son geniales, pero si quieres más variedad en el juego, necesitas que todos estén frescos, descansados y con buena salud".
Añadió: "Para estar en todas las competiciones necesitas jugadores de primer nivel y el técnico depende absolutamente, al cien por cien, de la calidad de su equipo".